Izolace vyrobená ze syntetického kaučuku (EPDM) tvořená uzavřenými buňkami, bez přídavků PVC a látek nebezpečných pro ozónovou vrstvu. Je měkká, ohebná a UV odolná. Izolace DNa 28-metráž, tloušťka 19 mm, balení karton 10 m.
Magia 12 DSX je kompaktní systém pro automatickou izolaci nukleových kyselin pomocí magnetických partikulí. Předdefinované protokoly, reagencie připravené v jednorázových reagenčních náplních, jednorázový spotřební materiál a plně automatizovaný proces zaručují standardizovaný průběh a vysokou reproducibilitu při extrakci nukleových kyselin z nejrůznějších vstupních materiálů. Magia 12 DSX poskytuje kapacitu zpracování 1 - 12 vzorků současně. Ovládání a údržba jsou uživatelsky nenáročné a probíhají prostřednictvím vestavěné klávesnice s LCD displejem a čtečky čárových kódů. Pracovní protokoly jsou naprogramované a uložené v paměti přístroje, nastavení vstupního a elučního objemu je možné přizpůsobit dle požadavků operátora. Izolace nukleových kyselin probíhá prostřednictvím vazby nukleových kyselin na magnetické partikule a na jejich následném vyvázání do elučního pufru. Reagencie jsou připravené v jednorázových reagenčních náplních - odpadá nutnost reagencie uchovávat v reservoárech a kontrolovat jejich množství a stav. Součástí kitů je sada jednorázového spotřeby plastového materiálu, který je k procesu extrakce zapotřebí. Jedná se o reakční komoru, ve které probíhá celý proces izolace nukleových kyselin; dále o propichovací hroty, sloužící k otevření fólie na reagenčních náplních, a o jednorázové špičky s filtrem určené k pipetování a přenášení reagencií. Propichovací hroty a špičky jsou v přístroji uloženy v plastovém držáku, jenž je také součástí kitu. Izolaci je možné provést z různých vstupních materiálů.
Primární principy izolace nukleových kyselin
Izolace nukleových kyselin probíhá prostřednictvím vazby nukleových kyselin na magnetické partikule a na jejich následném vyvázání do elučního pufru. Reagencie jsou připravené v jednorázových reagenčních náplních - odpadá nutnost reagencie uchovávat v reservoárech a kontrolovat jejich množství a stav. Součástí kitů je sada jednorázového spotřeby plastového materiálu, který je k procesu extrakce zapotřebí. Jedná se o reakční komoru, ve které probíhá celý proces izolace nukleových kyselin; dále o propichovací hroty, sloužící k otevření fólie na reagenčních náplních, a o jednorázové špičky s filtrem určené k pipetování a přenášení reagencií.
Postup a možnosti izolace z různých vstupních materiálů
Izolaci je možné provést z různých vstupních materiálů. Techniky izolace DNA a RNA z různých zdrojů popisují kroky jako homogenizace, lyza buněk, uvolnění nukleových kyselin, jejich izolaci a purifikaci. Většina postupů začíná odstraněním kontaminujících bílkovin a lipidů, následuje vysrážení DNA a její opětovné rozpuštění ve vhodném pufru. Obecná koncepce zahrnuje získání biologického materiálu, rozpad tkání a buněk, uvolnění nukleových kyselin, oddělení nukleových kyselin z makromolekulárních struktur, purifikace a rozpuštění nukleových kyselin.
Fenol-chloroformová versus silikátová technologie
Fenol-chloroformová technika bývá označována za „zlatý standard“ purifikace nukleových kyselin díky vysokým výtěžkům a čistotě, avšak je časově náročná a vyžaduje práci s nebezpečnými chemikáliemi. Při větším počtu vzorků je obtížné ji automatizovat. Na druhé straně extrakce pomocí silikátové pevné fáze je relativně jednoduchá a vhodná pro automatizaci; povrch silikátu je hydratovaný v vodných roztocích a DNA se váže za pomoci chaotropních solí a vhodného pH. Magnetická separace nabízí alternativu, kdy se DNA reverzibilně váže na magnetické kuličky potažené vhodným povrchem a po navázání je kuličky magnetem oddělení od roztoku. Výtěžky a čistota DNA jsou srovnatelné s silikátovou extrakcí, avšak lze získat koncentrovanější DNA v menším množství roztoku.
Čtěte také: Průvodce kročejovou izolací
Další poznámky k izolaci z FFPE materiálů a buněk v krvi
FFPE vzorky (formalinem fixovaná a parafínem zalitá tkáň) se používají pro histologii a lze z nich izolovat DNA a RNA i po dlouhé době skladování, i když je DNA fragmentovaná a výtěžek nízký. Pro izolaci DNA z plné krve lze použít metodu vysolování (solvní techniky) po hemolýze a lyzování leukocytů, následně promytí proteiny a izolaci DNA etanolem. Další ukázky ukazují adsorbční metodu na silikátovou membránu nebo magnetickou separaci při zpracování velkého počtu vzorků. Průběhy ukazují, že procesy obvykle zahrnují homogenizaci, lyzu buněk, uvolnění nukleových kyselin, jejich purifikaci a rozpuštění ve vhodném objemu vody či pufru.
Klinické a vědecké souvislosti izolace DNA a RNA
Izolace DNA a RNA hraje klíčovou role v molekulárně-genetickém vyšetření: kvalita templátové DNA ovlivňuje účinnost amplifikace, a nečistoty mohou inhibovat polymerázu. Výsledná exprese genů HER-2, MUC1, EpCAM se zkoumá při analýze cirkulujících nádorových buněk (CTCs) a dalších biomarkerů. Izolace CTCs často používá imunomagnetickou separaci následovanou RT-PCR.
Postupy zahrnují přípravu řezů z FFPE tkání pro izolaci NA, deparafinaci a následnou izolaci DNA a RNA. U vzorků FFPE lze sledovat barvení a imunohistochemii, které identifikují molekuly, ale samotná izolace NA umožňuje analýzy DNA a RNA i z těchto vzorků s historickým archivem.
Shrnutí a praktické implikace
Celkově lze říci, že existují různé metody izolace nukleových kyselin - od klasických fenol-chloroformových po moderní silikátové a magnetické techniky. Každá metoda má své výhody a nevýhody z hlediska výtěžku, čistoty, časové náročnosti a možnosti automatizace. Volba vhodného postupu vychází z typu vzorku, požadované čistoty a dostupného vybavení.
- Magie 12 DSX nabízí plně autonomní izolaci nukleových kyselin s kapacitou 1-12 vzorků a minimalizuje manipulaci s reagenciemi.
- Fenol-chloroformová extrakce poskytuje vysoký výtěžek a čistotu, ale je časově náročná a vyžaduje zvláštní bezpečnostní opatření.
- Silikaátové kolony a magnetické kuličky umožňují efektivní izolaci s možností automatizace a vysoké reprodukibility.
- FFPE vzorky lze zpracovat pro DNA i RNA, ačkoliv je třeba počítat s fragmentací a sníženým výtěžkem.
Čtěte také: IPA asfaltová izolace: Co potřebujete vědět
Čtěte také: Radon a asfaltová izolace
tags: #izolace #DNA #silikatová #kolona